Berbeda dengan keberatan, penyelesaian permohonan gugatan dilakukan melalui proses persidangan di Pengadilan Pajak. Persidangan di Pengadilan Pajak dilakukan dengan menggunakan pemeriksaan acara biasa atau dengan dengan pemeriksaan acara cepat.
Proses pemeriksaan acara biasa diatur dalam Pasal 49 sampai dengan Pasal 64 UU Pengadilan Pajak. Pemeriksaan dengan acara biasa dilakukan oleh Hakim majelis yang terdiri dari Hakim Ketua, Hakim Anggota, dan Panitera. Dalam persidangan ini juga dihadiri oleh terbanding dan pemohon banding atau kuasa hukumnya. Proses gugatan dengan pemeriksaan acara biasa juga berlaku untuk banding.
Tahap pertama, Hakim Ketua akan membuka sidang dan menyatakan terbuka untuk umum. Pada proses persidangan, jika Hakim Ketua, Hakim Anggota, atau Panitera terikat hubungan keluarga sedarah atau semenda sampai derajat ketiga, atau terikat hubungan suami istri meskipun telah bercerai dengan penggugat, maka wajib mengundurkan diri.
Selain itu, Hakim Ketua, Hakim Anggota, atau Panitera juga wajib mengundurkan diri dari suatu persidangan apabila berkepentingan langsung atau tidak langsung atas sengketa yang ditanganinya. Pengunduran diri dapat dilakukan atas permintaan salah satu atau pihak yang bersengketa.
Jika pihak yang disebutkan sebelumnya tidak mengundurkan diri sampai sengketa telah diputus, putusan tersebut dianggap tidak sah. Atas sengketa pajak tersebut akan segera disidangkan kembali dengan susunan majelis dan/atau panitera yang berbeda. Dalam hal hubungan tersebut diketahui sebelum melewati jangka waktu satu tahun setelah sengketa diputus, sengketa akan disidangkan kembali dalam jangka waktu 3 bulan.
Sebelum pemeriksaan pokok sengketa dimulai, majelis melakukan pemeriksaan mengenai kelengkapan dan/atau kejelasan gugatan. Kelengkapan pengajuan gugatan masih dapat diberikan dalam persidangan, sepanjang bukan terkait persyaratan penggunaan bahasa Indonesia, dan satu surat gugatan untuk satu keputusan atau penagihan.
Ketiga, Hakim ketua memanggil terbanding dan dapat memanggil pemohon banding untuk memberikan keterangan lisan. Keempat, Hakim Ketua menjelaskan masalah yang diselenggarakan kepada pihak-pihak yang bersengketa. Selanjutnya, majelis akan menanyakan kepada terbanding mengenai hal-hal yang dikemukakan pemohon banding dalam surat banding dan dalam surat bantahannya. Apabila Majelis memandang perlu dan dalam hal pemohon Banding hadir dalam persidangan, Hakim Ketua dapat meminta pemohon Banding untuk memberikan keterangan yang diperlukan dalam penyelesaian sengketa pajak.
Selanjutnya, Hakim Ketua dapat memerintahkan saksi untuk hadir dan didengar keterangannya dalam persidangan. Saksi yang diperintahkan untuk hadir wajib datang di persidangan dan tidak diwakilkan. Sebelum bersaksi, saksi wajib mengucapkan sumpah atau janji menurut agama atau kepercayaannya. Permintaan saksi bisa berasal dari salah satu pihak yang bersengketa maupun secara jabatan oleh hakim.
Dalam persidangan, terdapat pihak yang tidak boleh didengar keterangannya sebagai saksi. Pihak tersebut adalah sebagai berikut:
- keluarga sedarah atau semenda menurut garis keturunan lurus ke atas atau ke bawah sampai derajat ketiga dari salah satu pihak yang bersengketa;
- istri atau suami dari pemohon banding meskipun sudah bercerai;
- anak yang belum berusia 17 tahun;
- orang sakit ingatan.
Demikian merupakan tahapan gugatan dengan pemeriksaan acara biasa. Apabila sengketa tidak dapat diselesaikan pada satu hari persidangan, pemeriksaan dilanjutkan pada hari persidangan berikutnya yang ditetapkan. Sebagai catatan, persidangan lanjutan dapat dilaksanakan tanpa dihadiri oleh tergugat.
